El caimán blanco es muy importante en la cadena alimenticia de los ecosistemas que habita. En algunos lugares, su desaparición ha conllevado la extinción local de varias especies de peces; se cree que ello sucede porque en ausencia de caimanes, que son su depredador natural, aumenta el número de pirañas.

El caimán negro habita tanto en los ríos de aguas tranquilas, como en cochas profundas, zonas pantanosas y bosques inundables, donde encuentra el alimento que le es necesario para sobrevivir. El caimán negro es un reptil de hábitos principalmente nocturnos, con adaptaciones especiales en la visión que le permiten buscar su alimento en la oscuridad. Es un animal muy ágil dentro del agua, pero muy torpe en tierra. El caimán negro se aparea en el agua. Tiempo después la hembra busca lugares escondidos para desovar, generalmente en los bosques de galería cercanos a la orilla de los ríos o en juncales que cubren los terrenos pantanosos. Algunas hembras de caimán negro permanecen cerca a sus nidos, defendiéndolos con ferocidad; sin embargo, se han dado casos en los que ellas no desarrollan instintos maternales e incluso otros donde ignoran por completo a su nidada. Una particularidad del caimán negro es que el sexo de sus crías está en estrecha relación con la temperatura del nido: las zonas más calientes, hacia al fondo, darán machos, y las más frías hembras.

La dieta del caimán negro puede variar de acuerdo con la edad, tamaño y hábitat de este depredador. Cuando alcanzan la adultez se alimentan con peces, aves, roedores grandes como el ronsoco y algunos mamíferos como venados y nutrias, a los que caza sigilosa y pacientemente. El caimán negro se agazapa entre las hojas y ramas caídas para esperar a sus víctimas. Cuando su presa está lo suficientemente cerca, da un gran salto impulsado por su cola y patas traseras, logrando así atraparlas con su poderosa mandíbula y afilados dientes, de manera tan fuerte que es imposible soltarse de ellos. Luego, las arrastra hacia el fondo del río o cocha para ahogarlas y, finalmente, las vuelve a sacar para devorarlas casi enteras en tierra, ya que no puede comer dentro del agua. Por estar en la cúspide de la cadena trófica, el caimán negro posee enemigos naturales tan poderosos como él, entre los que destacan la Anaconda el Lobo de Río y el fiero Jaguar.