El departamento de Madre de Dios se encuentra ubicado al sureste del territorio peruano, entre los paralelos 9º 55`y 13º 20`de latitud sur y los meridianos 68º 39`y 72º 23`de longitud este.  Al ser Madre de Dios un departamento completamente amazónico, sus provincias están en la mayor parte en la selva baja, teniendo escaso territorio de selva baja. 

Limita por el este con el país de Bolivia; por el norte con Brasil y el departamento de Ucayali; por el oeste con los departamentos de Cuzco y Ucayali; y por el sur con los departamentos de Cuzco y Puno.