Los arqueólogos presumen que se trata de una de las tantas ciudadelas perdidas en Vilcabamba, donde los incas se refugiaron a partir de 1536. Choquequirao es un extraordinario complejo que consta de nueve grupos arquitectónicos de piedra. Posee cientos de andenes, habitaciones y sistemas de riego. Gracias a la labor iniciada en 1993 por el Plan COPESCO y por el Instituto Nacional de Cultura del Cusco, el 30% del gigantesco complejo ha sido despejado y habilitado para el turismo nacional y extranjero. Choquequirao se compone de nueve sectores, entre los que destacan el centro político religioso, el sistema de fuentes y canales con acueductos, y el grupo de las portadas. Es preciso recalcar el carácter religioso de este complejo. La arquitectura se encuentra distribuida alrededor de una explanada o plaza principal, y se complementa por un muy bien conservado sistema de andenería agrícola. Los restos arqueológicos se distribuyen en la parte descendente del cerro Choquequirao y se agrupan a manera de pequeños barrios, un tanto separados entre sí, siguiendo un probable criterio de función y rango social.

Para los pobladores de su región representa el último bastión de resistencia indígena durante la conquista; para los viajeros extranjeros del siglo XIX era parada obligatoria, a pesar de la enorme dificultad de acceso; para la flora y fauna del área es un santuario que alberga a diversas especies en vías de extinción.